Все это, однако, мифы позднейшего сочинения. В действительности древнейшая религия японцев - до объединения страны в первые века н.э. - отражала патриархальный родоплеменной строй, где выделялась воинственная племенная знать и зарождалось патриархальное рабство. Эта религия состояла, видимо, в почитании семейно-родовых и племенных духов и богов-покровителей - ками. Слово "ками" буквально означает наверху, верхний, начальник. Неясно, были ли это первоначально духи умерших, предков (впоследствии культ предков у японцев развивался под сильным влиянием буддизма) или духи земли, стихий; возможно, что в образах ками сливались оба эти представления. Места почитания их были отмечены каменными оградами или простыми постройками. Изображений ками японцы не делали, но в святилищах хранили фетиши - эмблемы божеств. По мере разложения родового строя выделялись профессиональные жрецы - гадатели (ура-бэ) и заклинатели (ими-бэ).

Старая традиционная религия японцев, которая раньше не имела определенного названия, стала, в противовес буддизму, называться ками-но-михи, дословно - "путь ками", то есть "путь (местных) богов", или, по-китайски, шин-то (то же значение); последнее слово вошло и в европейские языки.
Шинтоизм подвергся сильному влиянию буддизма. Шинтоистские жрецы постепенно организовались в замкнутую наследственную касту. В подражание буддистским храмам начали строиться и шинтоистские храмы, хотя и более простые; шинтоисты стали делать изображения богов. Буддисты ввели обряд трупосожжения (в древности умерших в Японии зарывали в землю). Обе религии начали постепенно сближаться. Внутри буддистских храмов отводили уголки для шинтоистских богов - ками; иногда этих ками даже просто отождествляли с буддистскими божествами. С другой стороны, и шинтоистский пантеон пополнялся буддистскими божествами. В IX в. возникли секты санно яриобу, стремившиеся слить воедино буддизм и шинтоизм. Чистых буддистов, как и чистых шинтоистов, в Японии оставалось мало. Однако остались следы антагонизма между обеими религиями: например, в шинтоистских храмах запрещалось произносить слова, относящиеся к буддистскому культу (Будда, пагода, монах и пр.).
С конца XII в. военно-феодальная аристократия захватила всю власть в стране в свои руки, оставив императорам только религиозные функции. Микадо по-прежнему считался священной фигурой, потомком богини Ама-терасу, но утратил всякую реальную власть, был отстранен от всех светских дел. Страна несколько веков была в состоянии феодальной анархии. Аристократические кланы воевали между собой. Некоторые из крупных феодалов (даймио) пытались заручиться поддержкой появившихся с XVI в. католических миссионеров и с этой целью обращали своих подданных в христианство. Нередко и сами крестьяне, разоренные войной и доведенные до отчаяния, добровольно крестились. Но уже с конца XVI в. крупные феодалы, объединившие вновь Японию, - Хидеёси, а затем клан Токугава - начали преследовать христианство, изгонять миссионеров.
Для закрепления своей власти новые правители Японии - сегуны из клана Токугава - всемерно препятствовали общению японцев с чужеземцами. Они стремились опереться на старые японские традиции, отрешиться от китайско-корейских влияний. Отсюда возникло, особенно с XVIII в., движение за возврат к старой шинтоистской религии. Этому способствовало и то, что буддистские бонзы, вмешавшиеся в годы смут в феодальные междоусобицы и переставшие следовать правилам своей религии, к этому времени утратили часть прежнего авторитета в народе.

В отличие от буддизма с его сложной и утонченной религиозно-философской догматикой, шинтоизм до сих пор сохранил черты глубоко архаического культа.
Основной стержень шинтоизма - догмат о божественности императорской власти. Император (микадо, тенно)- потомок богини Аматерасу. Каждый японец обязан абсолютно повиноваться его священной воле. Дворец императора - святилище. Гробницы умерших императоров также делаются святилищами. Важнейшие государственные и религиозные праздники связаны с днями памяти выдающихся императоров, начиная с легендарного Дзимму-тенно.
Крупную роль в шинтоизме играет и семейно-родовой культ предков, напоминающий конфуцианский в Китае. Считается, что каждый умерший превращается в ками (общее название для всех духов и богов), и глава семьи, глава рода совершает ежедневные моления им и приносит жертвы. В каждом доме имеется семейный алтарь - ками-дана - с небольшим шкафчиком (мийя) для табличек умерших (китайское влияние).
Объектом публичного культа служат многочисленные духи и божества, местные и общенародные. Этих божеств и духов великое множество: в текстах говорится о "800 мириадах", то есть о 8 миллионах ками (число "8" - священное у японцев). Наиболее чтимые из них: Аматерасу (богиня солнца), Суса-но-во (бог бури), Инари ("рисовый человек", покровитель земледелия; изображается с двумя охапками рисовых колосьев и часто с лисицей). Видное место в шинтоистском пантеоне занимают знаменитые императоры и другие выдающиеся лица древности. Почитанием пользуются также священные места, особенно горы; среди них на первом месте - Фудзияма. Сохранились следы древнего культа животных, особенно лисицы, обезьяны, черепахи, змеи, оленя. Есть и пережитки фаллического культа.