Внешнеполитические проблемы в VIII в. отступают на второй план. Угасает сознание опасности вторжения с материка. В 792 г. отменяется всеобщая воинская повинность и ликвидируется береговая стража. Редкими становятся посольства в Китай, а в связях с корейскими государствами начинает все большую роль играть торговля. К середине IX в. Япония окончательно переходит к политике изоляции, запрещается выезд из страны, прекращается прием посольств и судов.
Становление развитого феодального общества в IX-XII вв. сопровождалось все более радикальным отходом от китайского классического образца государственного устройства. Бюрократическая машина насквозь оказалась пронизанной родственными аристократическими связями. Прослеживается тенденция к децентрализации власти. Божественный тэнно уже более царствовал, нежели реально управлял страной. Чиновничьей элиты вокруг него не сложилось, ибо не была создана система воспроизводства администраторов на базе конкурсных экзаменов. Со второй половины IX в. вакуум власти был заполнен представителями рода Фудзивара, которые фактически начинают править страной с 858 г. в качестве регентов при малолетних императорах, а с 888 г. – в качестве канцлеров при совершеннолетних. Период середины IX – первой половины XI в. имеет название «время правления регентов и канцлеров». Его расцвет приходится на вторую половину Х в. при представителях дома Фудзивара, Митинага и Ёримити.
В конце IX в. оформляется так называемый «государственно-правовой строй» (рицурё). Новыми высшими государственными органами стали личная канцелярия императора и полицейское ведомство, напрямую подчиненное императору. Широкие права губернаторов позволили им усилить свою власть в провинции настолько, что они могли противопоставлять ее императорской. С падением значения уездного управления провинция становится основным звеном общественной жизни и влечет за собой децентрализацию государства.
Население страны, преимущественно занимавшееся земледелием, насчитывало в VII в. около 6 млн. человек, в XII в. – 10 млн. Оно было поделено на плативших налоги полноправных (рёмин) и неполноправных (сэммин). В VI-VIII вв. господствовала надельная система землепользования. Особенности поливного рисоводства, чрезвычайно трудоемкого и требовавшего личной заинтересованности работника, обусловили преобладание в структуре производства мелкого трудового свободного хозяйства. Не получил поэтому широкого распространения труд рабов. Полноправные крестьяне обрабатывали подлежащие переделу раз в шесть лет государственные земельные участки, за которые платили налог зерном (в объеме 3 % от официально установленной урожайности), тканями и исполняли отработочные повинности.
Домениальные земли в этот период не представляли собой крупное господское хозяйство, а отдавались в обработку отдельными полями зависимым крестьянам.
Чиновники получали наделы на срок исполнения должности. Лишь некоторые влиятельные администраторы могли пользоваться наделом пожизненно, иногда с правом передачи его по наследству на протяжении одного-трех поколений.
В силу натурального характера экономики выход на немногочисленные городские рынки преимущественно имели государственные ведомства. Функционирование небольшого числа рынков за пределами столиц наталкивалось на отсутствие профессиональных рыночных торговцев и нехватку крестьянских промысловых продуктов, основная часть которых изымалась в виде податей.
Особенностью социально-экономического развития страны в IX-XII вв. было разрушение и полное исчезновение надельной системы хозяйствования. На смену приходят вотчинные владения, имевшие статус «пожалованных» частным лицам (сёэн) со стороны государства. Представители высшей аристократии, монастыри, знатные дома, господствовавшие в уездах, наследственные владения крестьянских семей обращались в государственные органы за признанием вновь обретенных владений в качестве сёэн.
В итоге социально-экономических изменений вся власть в стране с Х в. стала принадлежать знатным домам, владельцам сёэн разных размеров. Завершалась приватизация земель, доходов, должностей. Для урегулирования интересов противоборствующих феодальных групп в стране создается единый сословный порядок, для обозначения которого вводится новый термин «императорское государство» (отё кокка), заменивший собой прежний режим – «правовое государство» (рицурё кокка).
Еще одним характерным социальным явлением эпохи развитого Средневековья стало появление военного сословия. Выросшие из отрядов дружинников, использовавшихся владельцами сёэн в междоусобной борьбе, воины-профессионалы стали превращаться в замкнутое сословие воинов-самураев (буси). На исходе эпохи Фудзивара статус вооруженной силы поднялся из-за социальной нестабильности в государстве. В самурайской среде возник кодекс воинской этики, опиравшийся на главную идею личной верности господину, вплоть до безусловной готовности отдать за него жизнь, а в случае бесчестия покончить с собой по определенному ритуалу. Так самураи превращаются в грозное оружие крупных земледельцев в их борьбе друг с другом.
В VIII в. государственной религией становится буддизм, быстро распространившийся в верхушке общества, не находивший ещё популярности в среде простонародья, но поддерживаемый государством.

В эпоху Асикага углубился процесс отделения ремесла от земледелия. Ремесленные цехи возникали теперь не только в столичном районе, но и на периферии, концентрируясь в ставках военных губернаторов и усадьбах феодалов. Производство, ориентированное исключительно на нужды патрона, сменилось производством на рынок, а покровительство сильных домов стало заключаться в предоставлении гарантии монопольных прав на занятие определенным видом производственной деятельности в обмен на выплату денежных сумм. Сельские ремесленники переходят от бродячего к оседлому образу жизни, возникает специализация сельских районов.
Развитие ремесла способствовало росту торговли. Возникают специализированные торговые гильдии, отделившиеся от ремесленных цехов. На перевозке продуктов налоговых поступлений вырос слой торговцев тоимару, который постепенно превратился в класс торговцев-посредников, транспортировавших самые различные товары и занимавшихся ростовщичеством. Местные рынки концентрировались в районах гаваней, переправ, почтовых станций, границ сёэн и могли обслуживать территорию радиусом от 2-3 до 4-6 км.
Центрами страны оставались столицы Киото, Нара и Камакура. По условиям возникновения города делились на три группы. Одни выросли из почтовых станций, портов, рынков, таможенных застав. Второй тип городов возникал при храмах, особенно интенсивно в XIV в., и имел, как и первый, определенный уровень самоуправления. Третьим видом были рыночные поселения при замках военных и ставках провинциальных губернаторов. Такие города, нередко создававшиеся по воле феодала, находились под полным его контролем и имели наименее зрелые городские черты. Пик их роста приходился на XV век.
После монгольских нашествий власти страны взяли курс на ликвидацию дипломатической и торговой изоляции страны. Приняв меры против нападавших на Китай и Корею японских пиратов, бакуфу восстановило дипломатические и торговые отношения с Китаем в 1401 г. До середины XV в. монополия торговли с Китаем находилась в руках сёгунов Асикага, а затем стала идти под эгидой крупных купцов и феодалов. Из Китая обычно привозили шелк, парчу, парфюмерию, сандаловое дерево, фарфор и медные монеты, а отправляли золото, серу, веера, ширмы, лакированную посуду, мечи и древесину. Торговля велась также с Кореей и странами Южных морей, а также с Рюкю, где в 1429 г. было создано объединенное государство.
Социальная структура в эпоху Асикага оставалась традиционной: господствующий класс состоял из придворной аристократии, военного дворянства и верхушки духовенства, простой народ – из крестьян, ремесленников и торговцев. До XVI в. четко установились классы-сословия феодалов и крестьян.
До XV в., когда в стране существовала сильная военная власть, основными формами борьбы крестьян были мирные: побеги, петиции. С ростом княжеств в XVI в. поднимается и вооруженная крестьянская борьба. Самый массовый вид сопротивления – антиналоговая борьба. 80 % крестьянских выступлений в XVI в. проходили в экономически развитых центральных районах страны. Подъему этой борьбы способствовало и наступление феодальной раздробленности. Массовые крестьянские восстания прошли в этом столетии под религиозными лозунгами и были организованы необуддистской сектой Дзёдо.